मंदिर निर्माण समिति के अध्यक्ष महंत जन्मेजय शरण ने अमरनाथ मिश्रा को न्यास की नीतियों के विरुद्ध काम करने के कारण निष्कासित कर दिया है. अमरनाथ मिश्रा ने ऑल इंडिया मुस्लिम पर्सनल लॉ बोर्ड के पूर्व सदस्य मौलाना सलमान हसन नदवी पर रिश्वत मांगने का आरोप लगाया था. जिसके बाद उन पर यह कार्रवाई की गई.
मंदिर समिति के अध्यक्ष महंत जन्मेजय ने कहा कि अमरनाथ मिश्रा राम जन्म भूमि मंदिर निर्माण न्यास विरोधी गतिविधियों में शामिल हैं, और न्यास की सहमति के बिना ही तमाम बयान दिए जा रहे हैं.जिससे न्यास का कोई लेना-देना ही नहीं है. इसी कारण न्यास अध्यक्ष ने अमरनाथ मिश्रा को महासचिव पद से निकाल दिया.
विश्व हिंदू परिषद द्वारा संचालित राम जन्मभूमि न्यास के अध्यक्ष महंत नृत्य गोपाल दास हैं. उसी तर्ज पर राम जन्मभूमि मंदिर निर्माण न्यास जानकी घाट बड़ा स्थान के जन्मेजय शरण राष्ट्रीय अध्यक्ष हैं. महंत जन्मेजय शरण ने अमरनाथ मिश्रा को राम जन्मभूमि मंदिर निर्माण न्यास के में राष्ट्रीय महासचिव के पद से निष्कासित किया है.
गौरतलब है कि अमरनाथ मिश्रा ने सलमान नदवी के ऊपर बड़ा आरोप लगाकर एक मामला दर्ज कराया है. इसमें उन्होंने कहा कि सलमान नदवी 5,000 करोड़ रुपए ,200 बीघा जमीन, अयोध्या में राज्यसभा सांसद का पद मांग रहे थे, जिसे लेकर काफी राजनीतिक सरगर्मी बढ़ी है. अमरनाथ मिश्रा को राम जन्मभूमि मंदिर निर्माण न्यास से बाहर का रास्ता दिखाया गया है.